Schwarzenbergovi je také často vyčítána finanční podpora od podnikatele Zdeňka Bakaly. Společně s Bakalou také ve výše popsané privatizaci zakoupil státní podnik Becherovka, firma se poté údajně ocitla v hluboké ztrátě.

V roce 2011 byl propuštěn ředitel IT oddělení MZV Jakub Klouzal, který v roce 2010 upozornil ministra Schwarzenberga na předražené zakázky. Schwarzenberg nechal případ prošetřit inspekcí ministerstva zahraničí, která následně případ předala policii, ta však celou věc odložila. Odložení případu označil Schwarzenberg za šok. Klouzal tvrdí, že údajně inspekce MZV nepředala policii část originální dokumentace, kterou si prý od něho ani nikdy nevyzvedla podle MF Dnes měl jasné dokladyže ministerstvo zbytečně utratilo až 60 milionů korun. Klouzal poté dostal ocenění Nadačního fondu proti korupci

#96411: - Kandidát havlerky na prezidenta.. 

 Je zvláštní, že Fond "proti korupci" takovám obloukem obchází soudruha Andreje Bureše Babiše, když ten přitom např. v roce 2014 disponoval cizími zdroji v objemu 57 mld. a jen 25 mld. z toho bylo bankovních úvěrů. 

Kam plyne zisk z těchto cizích zdrojů soudruh Babiš nezveřejňuje.